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快速精准肿瘤基因组分析软件

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日前,来自美国梅奥诊所(Mayo Clinic)的研究人员设计了一款可识别肿瘤基因改变的软件——BIMA V3(Binary Indexing
Mapping Algorithm,version 3),比其他常用基因测序程序速度快20倍,准确度高

快速精准肿瘤基因组分析软件

日前,来自美国梅奥诊所(Mayo Clinic)的研究人员设计了一款可识别肿瘤基因改变的软件——BIMA V3(Binary Indexing Mapping Algorithm,version 3),比其他常用基因测序程序速度快20倍,准确度高 25%。该研究结果刊登在近期的《生物信息学》(Bioinformatics)杂志上。

成对测序技术是一种复杂的昂贵的技术,可用来检测整个基因的改变。研究人员比较两种普通的测序校准程序,BIMA 在所有的项目测试中胜过 Burrows-Wheeler 校准仪和 Novoalign,在速度和可靠性检测中,BIMA V3 校准了对照组的基因组序列,比竞争者快 20 倍,准确度高 25%。而 BIMA 允许评价肿瘤基因组,只花费一小部分的时间,且仅需要几种普通的技术。

较早的 BIMA 版本已促进研究人员开发 T 细胞淋巴瘤,前列腺癌和子宫内膜癌。最新的版本建立在较早版本上,提高了速度和可靠性。

研究人员相信这个工具将能让人们更好地理解肿瘤基因组,更快地研究更多肿瘤样本,开发不同疾病的新型生物标志物,最终更好地治疗肿瘤患者。

原文检索:

Travis M. Drucker, Sarah H. Johnson, Stephen J. Murphy, Kendall W. Cradic, Terry M. Therneau and George Vasmatzis. BIMA V3: an aligner customized for mate pair library sequencing. Bioinformatics, February 12, 2014; doi:10.1093/bioinformatics/btu078

本文作者:中国科学院上海生命科学信息中心(生命科学研究快报网陈成才。经授权,发布于 生物360。

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